Metsien monimuotoisuus tarkoittaa käytännössä jotain muuta kuin perinteistä, hoidettua talousmetsää, jossa puut ovat samankokoisia ja -ikäisiä, ja kuolleet lahopuut on viety pois. Monimuotoisessa metsässä puuston ikä vaihtelee taimista lahopuihin, ja lajiston kirjo on laaja.
Metsien monimuotoisuuden häviäminen on suuri uhka erityisesti trooppisissa metsissä, mutta myös Suomessa. Meillä yhtenä ongelmana on suojelualueiden jakautuminen kahtia pitkässä maassa: pohjoisessa on paljon tiukkaan suojeltuja suojelualueita, mutta etelän rehevämmät metsät ovat vielä vailla suojelua, vaikka ne olisivat pohjoisen metsiä monimuotoisempia. Etelä-suomen metsiensuojeluohjelma METSOn kautta rahoitetaan yksityismetsien suojelua.
Viljelijä voi edistää maatalousympäristöjen biodiversiteettiä monin tavoin.
Luontotyyppejä suojellaan luonnon monimuotoisuuden turvaamiseksi ja lajien elinympäristöjen säilyttämiseksi. Luontotyypit ja niiden muodostamat kokonaisuudet tuottavat myös monenlaisia ihmisen luonnosta saamia aineellisia ja aineettomia hyötyjä.
Maatalousympäristön tärkeitä luontotyyppejä ovat viljeltyjen peltojen lisäksi erilaiset avoimet ja puoliavoimet elinympäristöt, jotka ovat muotoutuneet muista luonnonalueista poikkeaviksi perinteisten maankäyttötapojen, lähinnä laidunnuksen ja niiton, myötä. Maatalousalueilla viihtyy runsas eliölajisto - jopa neljännes Suomen luonnonvaraisista lajeista elää ensisijaisesti maatalousympäristössä.
Úhanalaisten luontotyyppien suojeluun voi saada maatalouden ympäristötukea.
Uhanalaisin luontomme on syntynyt laiduneläinten ja viljelijän yhteistyössä.
Perinnebiotoopit ovat kulttuurivaikutteisia, pääosin niitto- ja laiduntalouden muovaamia luontotyyppejä. Niitä ovat erilaiset niityt, lehdesniityt, hakamaat, metsälaitumet, nummet ja kaskimetsät. Perinteisen maatalouden aikana perinnebiotoopit muodostivat karjataloutemme perustan. Pellot olivat pieniä ja niitä käytettiin yksinomaan viljan viljelyyn. Karjan talvirehu koottiin luonnonniityiltä. Niityt ja pellot aidattiin tarkoin karjalta ja vasta sadon korjuun jälkeen niitä saatettiin käyttää laidunmaana. Karja sai kesäisin etsiä itse syötävänsä kylien lähimetsistä ja soilta, missä se vaelteli vapaasti tai paimenen mukana.
Koko maasta arvokkaita perinnebiotooppeja löydettiin 1990-luvulla järjestetyn inventoinnin yhteydessä yhteensä 3 694 kpl, pinta-alaltaan 18 640 hehtaaria.
Tuoreen Mytvas3-väliraportin mukaan maatalouden ympäristötuki on edistänyt maatalousluonnon monimuotoisuutta paikallisesti esimerkiksi perinnebiotooppien, kosteikkojen ja luonnonhoitopeltojen ansiosta.